Hola
Pueden levantar dos hallazgos a un punto, si, por ejemplo se puede mencionar que no conservas, que no identificas el tiempo de vigencia de un registro, son 2 en 1.
Por otro lado, los criterios de levantar hallazgos varian mucho dependiendo del auditor, el certificador, el tipo de auditoria,etc.
Veo que te inquienta esta situacion, pero te quiero comentar que no hay mucho que hacer, el reporte que ya emitieron dificilmente se cambiara, a menos que este en riesgo una certificacion o algo parecido, en tal caso podras "pelearlo" pero con argumentos solidos y buscar que se haga una revision a este caso.