Quizás la medida que están tomando por lo observado no es la más adecuada, ya que están corrigiendo un documento para que el problema no se vea, aún existiendo este.
Si tu procedimiento establece: "...el inventario físico debe ser igual al real...", tienes un problema, ya que no están cumpliendo con lo que declaras. Quizás debas establecer también una tolerancia o que se hace cuando hay diferencias. Por otro lado, no existe empresa que no le suceda lo mismo a excepción de las que fabrican Boing o Airbus. Broma aparte, si las diferencias son grandes en tu caso, hay un problema que debe ser minimizado o eliminado.
Finalmente, la norma no nos obliga establecer la realización de inventarios, sólo la correcta y adecuada preservación de tu producto (debiendo tener claro cómo identificar, manipular, embalar, almacenar y proteger).
saludos
Fernando