Hola,
normalmente los documentos se pueden ubicar dentro del ámbito de un proceso, pueden por ejemplo ser una norma técnica que afecte a una instrucción o un anexo para informar algo, también puede ser simplemente un documento "suelto" que subes a la intranet.
entiendo que por "control" te puedes referir a dos casos:
1, controlar las propiedades del documento (quien lo subió, la versión, etc)
2, que relación tiene ese documento con el proceso al que es anexo
si es el caso 1, creo que deberias implantar un gestor documental (DMS) en tu intranet, yo por ejemplo llevo tiempo utilizando OpenKM y me va bastante bien
si es el caso 2, tu procesos tienen que estar reflejados en un referencial, el referencial es la base de datos en el que es guardado tu sistema de calidad, normalmente compuesta por documentos y una base de datos donde guardes la relación entre ellos y también, en este caso, su relación con este documento.
saludos.