Hola Mefs,
la documentación del sistema de gestión de la empresa resultante debe ser la necesaria para prestar soporte a todas las actividades que se realicen. A parte de esto, en el Manual de Calidad deberás realizar una descripción de los procesos que se ejecutan y cómo se relacionan entre sí. --> Para hacer esto es necesario que la Dirección defina cómo va a trabajar después de la fusión (si va a tener Call Center, ...). Porque ante todo es la Dirección la que decide cómo trabajar, tú no te inventes nada, pregunta. El jefe decide, e ISO tampoco se opone a ello.
Respecto al encaje de lo que llamas "procesos macro" dentro del sistema de gestión, si no ves un claro encaje es porque quizás no existen. Un proceso es una actividad o conjunto de actividades que reciben entradas y ofrecen resultados.
gestión humana: proceso que se puede entender compueto de múltiples procesos (selección de personal, promoción interna, formación, ...)
procesos postventa:
Entrada: clientes ya despachados que tienen un problema o solicitan servicios relacionados con la venta.
Salida: clientes con el problema solucionado (o no) o con el servicio proporcionado.
Y así podríamos seguir... Como ves todos los procesos tienen entradas y salidas, y una función dentro de la empresa (más o menos relevante, en funión de la Dirección).
No sé si la orintación de mi respuesta es buena.
Un saludo,
Jorge P