Hola
Como auditor debes presentar las evidencias para establecer si lo que descubristes es conforme o no algun requerimiento (de ahi que lo auditas).
Creo que aqui lo que te debe estar pasando es que "presumes" que algo no te "cierra" como es debido, no hay problema con esto, y esta bien que algunas situaciones no te cierren.
Aca de auditor a auditor si me planteas algo de eso te diria sencillo:
"Bueno dime donde dice que tipos de recursos y objetivo tiene que tener tal departamento o area/persona, y demuestrame que la misma se este cumpliendo y sea congruente tambien con las directrices de la organizacion (mision y vision) llegado el caso".
Si me puedes probar que esto no se esta dando, entonces tenemos almenos 2 cositas para reportar, gestion de recursos (cap6), planificacion de objetivos (cap5).
Si no lo puedes demostrar, ... te podria decir "bueno vamos a ponerlo como una observación" y veamos de conversar con el representante de la direccion y el responsable del SGC, asi se va a transmitir bien o ellos van a saber explicarte "el porque" se genera esta situacion, asi ellos tambien se pueden defender correctamente.
Exitos!